Meskipun mixer/mixing service dan CoinJoin memiliki tujuan yang sama, yaitu meningkatkan privasi user, perlu diketahui bahwa keduanya memiliki beberapa perbedaan yang besar seperti :

#	Mixer	CoinJoin
1	Closed-source dan tidak bisa diverifikasi sistemnya	Open-source dan tidak bisa diverifikasi sistemnya (pada umumnya)
2	Koin dikontrol oleh mixer	Koin dikontrol oleh user
3	Privasi hilang jika mixer menyimpan aktivitas mixing atau metode mixing salah[1]	Privasi hilang jika implementasi CoinJoin tidak benar

Referensi :
1. https://bitcointalk.org/index.php?topic=5117328.msg50036053#msg50036053