Por un lado es por el tema de estabilidad y seguridad , y por el otro es porque los primeros masternodos fueron creados para linux, y muchas altcoins nuevas toman el trabajo ya realizado para sus proyectos y lo modifican en base a lo ya hecho o simplemente lo copian tal cual está. El tema de poner en funcionamiento un masternodo no es tan "user friendly" porque con linux tenes que ingresar lineas de codigo y no es todo tan visual como en windows pero siempre podes mandar tus coins a un servicio de shared masternodes si no queres pasar por todas esas complicaciones (yo hago eso)