Creo que bitcoin-qt también puede dar algún error de esta forma, supongo que al menos hasta que haga un rescan. En cualquier caso, si se volviera a repetir la misma transacción, esta no se confirmaría nunca por estar ya hecha.

Como muy bien ha explicado fernarios, la estafa sólo funciona en exchanges con carteras que contienen el saldo de todos sus clientes,así, cuando el estafador llama para reclamar, le reponen su saldo en su cuenta privada con el exchange  (que no es un wallet de bitcoins).

En cuanto al desorden en MtGox (y otros) al no haber cierres, ya que funcionan 24/7 y las confirmaciones pueden tardar lo que se quiera, el control de saldos se complica bastante. Ahora todos están cambiando sus procesos de verificación para que este tipo de cosas no pasen, pero la mejor forma de solucionarlo es que la comunidad acuerde un nuevo ID de transacción que no se pueda cambiar, y no que cada uno utilice el suyo.