В первых версиях клиента тоже кроме запакованного в рар архив экзешника ничего не было. База блоков изначально хранилась в формате berkeley db, потом ее перевели в формат LevelDB.
Протокол обмена информацией между p2p нодами описан в вики. В этом протоколе вообще никаких баз данных нет.

Так что непонятно, что вы подразумеваете под "протоколом", но так или иначе, а у клиента Bitcoin Core есть две базы данных. Противоречит этот факт чему-то или нет это уже вопрос к разработчикам клиента.

Во-вторых, смысл хранить последние блоки есть. Смысл в том, что если появится длинная орфан-цепочка, а у вас нет последних блоков, то для актуализации UTXO вам придется опять синхронизироваться с нуля.

Кстати, задолго до появления прунинга в Bitcoin Core, была реализована схема SPV в так называемых "легких кошельках". В этой схеме клиент хранит только заголовки блоков и только свои собственные транзакции.