Зачем запускать semux-gui.bat? При запуске jar файла проблем никаких
Ну по идее в комплекте для енд-юзера идет именно батник, не все в курсе как из консоли jar файл стартовать
Кстати на всякий случай - jar файл, при установленном Java окружении, можно простоj запустить из командной строки при помощи команды: java -jar путь\jarfile.jar
2 savel: а чего в сборку не положить скомпиленный в .exe файл под винду ? Народ реально может испугаться