Вопрос:
1) Поможет ли в первом и во втором случае -Rescan и -Reindex?
Должно помочь
2) Можно ли создать в кошельке Qt адрес на который будет отправляться сдача с транзакций
Например у меня не потраченные выходы с разными балансами, я отправляю BTC получателю, и мне приходит сдача строго на тот адрес который я указал при совершении транзакции, и каждый раз приходит сдача именно на него, это реально?
Там же есть в окне отправки такая галочка (должно быть включено управление входами в настройках)
3) И снова повторюсь, поможет ли Rescan во второй истории

Повторюсь, должно помочь ). А не поможет, достанете свои монеты через приватники в крайнем случае.
А СИД фраза разве есть у этого QT?
Нет. Но есть xprv мастер-ключ, из которого можно получить все приватники неимпортированных адресов.