[]
Tails умеет создавать защищенный постоянный раздел в свободном пространстве флешки и работать с таким разделом, поэтому чтобы ничего не исчезало при выключении надо создать такой шифрованный раздел и устанавливать нужный софт в этом разделе, С этого раздела ничего не пропадает:
с корневого сработает, или клона на вторую флешку обязательно ставить сначала?
Вторая флешка не нужна. Все находится на одной флешке. Persistence volume - это раздел Tails который он сам создает и с которым работает.