Alguns parametros não se podem individualizar para cada GPU, outros, basta separar por virgula, no meu caso tenho uma 280x e uma 7950, o problema aqui é que uma usa "-g 2" e a outra "-g 1", como -g é o parametro que não se pode separar por virgula, preciso rodar duas instancias do cgminer especificando as gpus que cada uma vai usar. Cabe a você analisar seus parametros e adequar conforme seu cenario.