Ну вот и получается, что на флешке хранить крипту в плане безопаности почти равноценно аппаратнику. На аппаратнике только удобнее.
Зато флешка имеет преимущество в том, что не каждый подумает о том, что содержится на ней, а если увидят аппаратник, то сразу становится понятно где искать.
Флешку открываете в компьютере, а компьютер заразить проще чем аппаратник. Так что крипту могут украсть так быстро что вы и не заметите.
Свои флешки с криптой я открываю только под Linux. Поэтому за вирусы я не переживаю.