They say:
Über Jahre hinweg ist die Bitcoin-Börse Mtgox über die sogenannte Transaction Malleability bestohlen worden. Insgesamt seien es 744.408 Bitcoins
It means, that there was a bug over the last years and Mtgox does not realize it.
No, they don't say mtgox didn't realize it. On the contrary:
"Dokumente sollen belegen, dass Mtgox darüber Bescheid wusste und ein Ausstiegsszenario plante."
says, they knew about the bug and were planning an exit scenario.