Copio el enlace que ya ha puesto otro usuario en otro hilo, de la explicación que a día de hoy para mí tiene más sentido, ya que encaja si no todas, al menos la mayoría de las piezas:

http://chrispacia.wordpress.com/2014/02/28/this-is-what-most-likely-happened-to-mtgox/

El gobierno de US tendría confiscados la mayoría de los BTC´s  ya que han visto indicios de conexión entre mtgox y silk road. Todo el caso estaría bajo secreto de sumario, de ahí las casi inexistentes explicaciones por parte de MK de a dónde han ido a parar todas esas BTC´s ya que simplemente no se le permitiría abrir el pico.

Ahora bien, puede que esto sea una pregunta un tanto ingenua pero... si la teoría fuera cierta y una vez el gobierno de US terminara con su investigación, hay alguna posibilidad de que devuelvan esa cold wallet con los BTC´s que no hayan estado involucrados en silk road??