Considerando uma hardware wallet como a Ledger ou Nano, você está protegido mesmo que seu computador seja infectado. A maior vantagem desse tipo de carteira é que as chaves privadas estão totalmente isoladas dentro do dispositivo, sendo que a única função deles é realizar a assinatura da transação através de um componente criptografico. Por isso, o fluxo é bem simples.

Cria transação PC -> Envia para o dispositivo -> Assina a transação -> Envia de volta para o PC.

Caso um malware altere a transação, você consegue revisar ela no dispositivo e cancelar a assinatura. E é impossível forçar a mesma, já que o dispositivo é isolado e cuja ação deve ser confirmada com o toque dos botões.

Fora isso, é claro que é importantíssimo manter seus dispositivos fora de qualquer tipo de malware. Suas BTC podem estar salvas na hardware wallet, mas suas contas nas exchanges e outros serviços podem ser comprometidos caso você seja infectado com um programa malicioso.