Да, они не работают с крымскими банками напрямую, однако без всяких санкций позволяют другим российским банкам проводить операции по их картам на "оккупированной" территории. Это значит, что туристы могут спокойно завозить деньги на полуостров и оставлять их там через систему Visa/Mastercard.
Получается, формально они не признают Крым, ибо система работает через посредников, но могли бы не признавать ещё сильнее, если бы реально изолировали экономику полуострова от остальной России.