Ich sehe da keinen Unterschied, zumindest keinen entscheidenden. In beiden Fällen ist die Dynamik wesentlich davon abhängig, wie viele Infizierte es gibt, die das Virus an die Mücke und somit an andere Menschen übertragen können (Mücken leben ja nicht lange und übertragen das Virus meines Wissens nach auch nicht unter sich), und wenn die Impfung effektiv ist und eine Infektion verhindert, dann ist auch bei Gelbfieber der Anteil Geimpfter an der Gesamtpopulation der Region der Schlüssel dafür, die Ausbrüche klein zu halten.

Dass auch Affen diesen Viren als Wirt dienen, ist wohl der Hauptgrund, dass sich diese nur sehr schwer ausrotten lassen und somit "endemisch" werden. Aber die Affenpopulation ist nahezu überall deutlich geringer als die Menschenpopulation (siehe diese Liste hier, es gibt nur eine einzige Primatenart mit über 1 Mio. Exemplaren und vier weitere mit über 100.000). Bei 5000 Affen, die man ja nur schwer impfen kann, und z.B. 1 Mio. Menschen in einer bestimmten Region (ist durchaus ein realistischer Wert), macht schon 1% mehr menschlicher Geimpfter mehr Unterschied als wenn man alle Affen z.B. wie die Nerze in Dänemark sozusagen als Opfer ausrotten würde. (ok, stimmt vielleicht nicht ganz, da Menschen Hygienemaßnahmen treffen können und Affen eher nicht, aber das Prinzip wird trotzdem deutlich denke ich).

Klar ist die Dynamik Mensch -> Mücke -> Mensch etwas anders als Mensch -> Mensch, aber es bleibt das gleiche Prinzip bestehen: je mehr Geimpfte es gibt, um so geringer fallen die Ausbrüche aus, d.h. die Impfung dient in beiden Fällen sowohl dem Selbstschutz als auch der Erzeugung von Herdenimmunität.