Меджик, несколько дней бился об стенку и нихера не помогало, а это сработало. Сейчсас полные 100% синхронизации и сделал backup. Проблема походу проявилася только в новой версии кошелька, в 2.6.0 дедале она для меня отсутствовала. Похоже в новой версии какой-то костыль.
Еще совет. Прежде чем делать бэкап проверяйте файл node.log Он не должен содержать записей об ошибках ноды. Отсутствие таких записей будет означать, что содержимое того, что бэкапится не искажено.