Die 0,03 BTC liegen nun vermutlich auf einer "Change"-Adresse, die jedoch ebenfalls dir gehört. Es ist jedoch wie -doubleU- schon geschrieben hat gut möglich, dass diese unter einem anderen "Derivation Path" liegt ... dazu kenne ich aber Bitcoin Core zu wenig muss ich ehrlich gesagt sagen.
Wäre es eine Möglichkeit, dass du dein Bitcoin Core Wallet nun in Electrum wiederherstellst? Wie das geht findest du hier:
How can I transfer a Bitcoin-qt wallet to Electrum?