como aposentadoria (pago INSS e privada), FGTS no final da vida trabalhista, 13º, férias, plano da saúde, mas principalmente o famoso plano de carreira.
Todas essas vantagens que voce falou tem um preço, então se por ex um CLT ganha 1 salario + essas vantagens, è so adicionar o valor delas ao salario pra ser equivalentes (tirando os impostos, mesmo do CLT que do CNPJ).
Agora no fato da estabilidade, acho que são no exato mesmo nivel, sendo que se um funcionário não è bom será demitido e se um freelance não è bom não será contratado futuramente.
Inclusive, se o trabalhador ser realmente bom, sendo CNPJ permite ter mais clientes e mais resiliência.