Das dürfte an den fixen Chipgrößen von Chipmixer liegen.
Die kleinste Größe von diesen "Chips" (was praktisch private Keys sind, die man nach Erhalt jederzeit in die eigene Wallet laden und dann versenden kann) sind 0,001 BTC und die Größe der nächst größeren Chips erhöht sich immer durch Verdopplung der Menge (0,001 BTC, 0,002 BTC 0,004 BTC, 0,008 BTC, 0,016 BTC, 0,032 BTC, 0,064 BTC etc. bis 1,024 BTC).
Alles was mehr als die kleinste Menge an Chips ist, wird daher an Chipmixer gespendet. So kann man die Kosten für das Mixen selbst kalkulieren, wie viel man hinsendet. Wenn man 0,0032 BTC sendet, dann bekommt man z.B. einen Chip mit 0,002 BTC, einen mit 0,001 BTC und die restlichen 0,0002 BTC sind die Spende.

In den FAQ ist auch ein Abschnitt dazu.

Mit steigenden Bitcoin-Preisen führt das natürlich zu steigenden Mindestmengen, die man mixen muss.