La descentralización de Bitcoin no se refiere únicamente a los nodos que mantienen la cadena de bloques, también es descentralización el que cada usuario tenga sus claves privadas que controlan sus monedas, eso da la capacidad de mover el dinero sin control de un tercero (banco, estado, etc) cuando las monedas de una persona están bajo el control de un tercero como MtGox , se puede considerar una centralización de claves privadas igual que los bancos tienen centralizado el uso de los que prácticamente no salen de sus cuentas y solo se mueven entre cuentas del sistema bancario.
Desvías el tema, te recuerdo que ese ejemplo lo ponías para intentar respaldar la afirmación de que bitcoin sólo tiene valor por ser descentralizado y no estar regulado por los gobiernos, lo cual es, sencillamente, falso. Y no es un problema de centralización, los bitcoins que se depositaron en mtgox siguen valiendo lo mismo que cualquier otro bitcoin, lo que no vale casi nada son los apuntes en las cuentas de mtgox porque no tienen respaldo. El problema es, simplemente, de solvencia.