Если вас беспокоит отсутствие свободного места на диске, всегда можно выполнить checkpoint sync (Prysm Lighthouse).

В результате этой операции размер beaconchain.db сокращается до минимума, на текущий момент - 512 МБ. Процесс синхронизации занимает до 10 минут. Проверено мною лично 30 августа на Prysm.