Навряд ли такой маленький объем может вместить всю цепочку маяков.
Я так понимаю, что checkpoint sync не предусматривает хранения всей цепочки. Тем не менее, на функционировании валидатора это никак не отражается. Зато checkpoint sync является быстрым способом восстановления ноды с нуля после аварийной ситуации или в случае нехватки свободного места на диске.
Я как то пробовал синхронизировать нового клиента с опцией --checkpoint-sync-url, насколько помню начальный этап действительно очень быстрый, но это было еще не все, полная синхронизация длилась около суток и размер базы в результате был такой же, как и у клиента от которого синхронизировался.
У меня несколько другой опыт. До синхронизации beaconchain.db занимал больше 100 ГБ, сразу после синхронизации - 0.5 ГБ, а сейчас, спустя 10 дней - 2.7 ГБ. При этом, валидатор заработал сразу после синхронизации, никаких суток ждать не пришлось.