Понял в чём тут дело. Lighthouse после быстрой стадии checkpoint sync, выполняет медленную стадию backfilling blocks, в процессе которой скачиваются все блоки. Валидатор может работать сразу после выполнения checkpoint sync, а backfilling blocks может выполняться параллельно с задачами валидатора, не мешая ему.

Так вот оказывается, в Prysm, которым я пользуюсь, backfilling blocks ещё не успели реализовать, поэтому у меня и получился такой фокус с обнулением базы данных блоков без вреда для валидатора.