Я думаю что проблема в слабой или дырявой защите Evernote. Я в свое время пользовался данным блокнотом, хранил какие-то там заметки, ссылки, возможно пароли (раньше просто было модно пользоваться Evernote). Попользовался и забил. Но в течении года я так же получал уведомления на мейл о попытках входа и успешном входе в мою учетную запись. Подозреваю, что взломали мою и Вашу учетную запись банальным brute-force.

Я бы рекомендовал не использовать никакие менеджеры паролей, нигде ничего не сохранять в виде автозаполнения. И советовал бы по старинке выписывать всё на листик, и в случае паранойи дублировать данные листа на другой лист.