A ver, si nunca has compartido tus claves privadas lo primero que se me ocurre es que por un problema de actualización o algo no te aparezcan los fondos pero en realidad sí que los tengas

Sin embargo, habría que aclarar: ¿tienes un hardware wallet o simplemente usas Electrum sin HW? Si es lo segundo me parecería más probable que te hubieran hackeado o algo.

¿Has guardado tus semillas online? Hay gente que les ha hecho una foto, se las guarda en la nube y luego se sorprende cuando le desaparecen los satoshis.