А майнер как-нибудь проверяет честность самого пула? Что пул дает в задании все транзакции сети и не игнорирует некоторые неугодные, что может случиться если пул будет взят под контроль нехорошими людьми, желающими повлиять на использование или разрушить сеть?

Майнер в момент генерации не может проверить что включено в блок а что нет, т.к. на генерацию приходит только заголовок. О нехорошем поведении майнер может узнать лишь постфактум посте получения готового блока.