В каком то из предшествующих релизов, где появилась PebbleDB, как раз писали, что нужно синхронизировать клиента заново, если выбирается PebbleDB.
Да, поддержка PebbleDB
появилась ещё в версии 1.11.0. В описании релиза этой версии есть такая фраза:
You also need to resync from scratch (with or without ancients) -- there is no migration functionality
Из этого утверждения можно сделать вывод, что успешная миграция на PebbleDB возможна даже без удаления ancient. Но в Дискорде go-ethereum я встречал сообщения о том, что если ancient не удалить, то движок так и останется LevelDB, поэтому я на всякий случай для себя решил тупо удалить ancient, ценой более длительной синхронизации.