Я так же делал двойной хеш, а так же пробовал получить корень хешированием TXID
merkleroot вычисляется из txid. В качестве алгоритма хеширования используется двойной SHA256.
[urlhttps://gist.github.com/thereal1024/45bb035e580430988a34]Пример вычисления корня дерева Меркла на Питоне.[/url]