Вы написали несколько неточных утверждений:
1. GAP Limit - это параметр кошелька, а не сервера. Не сервер проверяет балансы адресов, а кошелёк делает запросы на сервер для учёта балансов на своих адресах.
2. Блокчейн, функционирующий по модели UTXO, не хранит балансы.
3. Если пользователь будет принимать ежедневно десятки платежей на один и тот же адрес, это создаст ту же нагрузку на сервер, что и десятки платежей на разные адреса. Имеет значение не количество разных адресов, а количество UTXO, которые могут относится, в том числе, к одному и тому же адресу.

Теперь по сути вопроса. Я лично сталкивался с нежеланием серверов Electrum выдавать список транзакций и общий баланс для нескольких тысяч UTXO. Кошелёк просто не мог приконнектиться ни к одному из серверов. Для таких случаев Electrum не подходит и следует использовать, например, Bitcoin Core.