Искать в папке пользователя для данной программы что-то вроде wallet.dat - это и есть файл кошелька. Его и бэкапить. Ну и желательно сделать экпорт приватных ключей от адресов в кощельке и также секурно сохранить (в этом случае потом можно в новой программе просто импорт сделать). Все это должно быть в описании к программе кошелька.