Я не сомневаюсь, что у вас все максимально грамотно организовано, видно, что система выстроена мощно!
Что могу попытаться отметить по вашему вопросу? Из моего личного опыта, флешки достаточно легко выходят из строя. Время их жизни ограничено. У меня, к примеру половина всех моих флешек (а их было штук 10) вышла из строя - может хранил недостаточно хорошо, но они сейчас полностью нечитаемы.
Однако я вижу, что тут вы подстраховались и используете целых три флешки - это разумная мера предосторожности.
Может трёх флешек недостаточно, все-таки они легко выходят из строя.
При этом, в качестве гипотетической угрозы можно рассмотреть магнитную бурю, способна единомоментно размагнитить все флешки. Вероятность этого небольшая конечно. Однако последствия фатальны! Поэтому возможно нужно параллельно обеспечить аналоговое хранение сидов.
В отношении программной части вашей системы мне сложно, что-то сказать - видно что вы все хорошо продумали. Для меня ваша  система очень сложная.
Три аппаратных ключа, три флешки ... Предположим вы утратите доступ ко всем шести объектам... Вы тогда потеряете все? Предположим вы выйдете из дома, но вам уже не получится вернуться домой и вообще вернуться в этот город ... Вы потеряете все? Ведь доступ к физическим носителям будет утрачен.
Злоумышленник не может завладеть смарт-картой и понять, что это часть какой-то сложной системы защиты информации? Сам факт, что он об этом догадается не является ли потенциальной угрозой?
KeеPassXC действительно безопасная система или потенциально имеет какую-то вероятность превращения в небезопасную систему? Она может неожиданно прекратить работу по какой-то причине?
У меня нет ответа на все эти вопросы. Но может чем-то вам это поможет (а может и нет)... Для меня система кажется сложной, хотя скорее всего именно такая и нужна для обеспечения безопасности.