Апдейт.
Взял первый (нулевой) файл с правильным магическим числом. И поставил на синхронизацию. Все остальные фалы начали с этим же числом генерится и парсер их парсит нормально!
Так что это такое?
Возможно дело в том, что начало файла не обязательно совпадает с началом блока, первые несколько байт идентифицируют начало блока, вторые несколько байт говорят про размер блока. Используя эти значения можно парсить данные намного проще, потому что можно "прыгать" по данным используя лишь пару значений.