Долго, иногда бывает проще поновой синхронизацию запустить, чем дождаться его окончания особенно если в базах есть ошибки.
А почему он начался самостоятельно. если вы его сами не инициализировали?
Это вы, наверное, reindex имеете в виду. А rescan проходит относительно быстро, за несколько часов (а, если необходимо, можно принудительно задать высоту начального блока для сканирования, тогда еще сэкономится какое-то время). И, если память не изменяет, рескан действительно автоматически запускается в таких случаях.