срам такому кошельку, у которого это СИД не запечатон наглухо в SE, после того как он был сгенерирован и забэкапен пользователем.
Что значит "запечатан наглухо"? Его нельзя оттуда извлечь?
Ну вы сами ответили на свой же вопрос.
А как тогда происходит взаимодействие с пассфразой?
Все криптографические операции должны проводиться в SE. Извлекаться от туда может только то, что не несёт вреда хранимым средствам, например адреса.