Acho que você está confundindo as coisas.
Uma coisa é o Windows Defender bloquear a execução do programa por que ele pensa ser um malware baseado na assinatura de memória dele, outra coisa é essa tela do "[...] impediu que um aplicativo não reconhecido fosse iniciado". Esse erro acontece quando o programa não foi assinado digitalmente, se o certificado expirou, etc...
https://www.ssl.com/certificates/ev-code-signing/edit: Baixei de novo e foi de boa, talvez tinha dado algum erro na hora de assinar o .exe do build que baixamos.
Mas isso não tem haver com a Microsoft.
Provavelmente a build anterior tinha o registo do certificado, e provavelmente a build não tinha saído com o certificado. Logo o sistema dá o alerta, dispara porque podia ser um ficheiro falso a tentar imitar o original.
Fez o que era pretendido.