Эти слухи с 2000 мне тоже знакомы... Только началось это не с наших ФСБшников, а с их антимонопольного комитета.
Это не слухи, а куча официальных заявлений в том числе и майкрософта и результаты анализа кода независимыми экспертами. Началось всё это ещё с Китая, и называется это дело Shared Source Initiative. Естественно, код дается под лицензией, запрещающей передачу третьим лицам и использование для других проектов, что создает массу проблем. Во многих проектах (не только опенсорс) участникам прямо запрещается участвовать в Shared Source Initiative, потому что интуитивно понятное решение может быть скопировано разработчиком неосознанно, спустя много лет.Да и по-факту полных законченных исходников даже части системы (ядра, например, или библиотек kernel.dll & nt.dll) никто и никогда в глаза не видел.
Очевидно, у меня неправильные глаза. 
В kernel32.dll и ntdll.dll нет ничего полезного... Переходники к функциям ядра и csrss. Несмотря на страшные названия, смотреть там особо не на что.
А реальным доказательством я считаю, например, вот это... (Вот даже ядро OS X 10.9.4 выложили.) Поверьте, что оно даже собирается и работает - сам проделывал это неоднократно (не именно с этой версией, но с более ранними).
Участие в SSI возможно только по спец. лицензиям для образовательных учреждений и исследовательских организаций, но эпизодически код вываливают в интернет. Гугл по Windows Research Kernel подскажет, думаю... WRK это самый пострадавший от сливания участниками программы проект, потому что контроля над этими исходниками практически нет.Так что уж исходники-то ядра NT не видели только те, кто засиделся в танке. И поверьте, оно даже собирается и работает, причем без бубна и ворнингов. В общем, я понимаю некоторый скептицизм, но рассуждения о заборах сильно далеки от реальности и смахивают на троллинг.