Не, не , не... двигатели стирлинга (и аналоги, работающие на расширении и сжатии материалов при изменениях температуры) не средство перевода тепловой энергии в механическую, а средство установки разности потенциалов (температур), преобразуя эту разность в механику. Это не генератор (о генераторе идет речь, когда они используются вместе с теплообменником и средами с разными температурами).

Т.е. если говорить про путешествия в некой капсуле в среде с температурой, отличной от той, что нужна внутри, то стирлинги позволят создать разницу температур внутри и снаружи, конечно так как КПД у них не 100% придется учитывать что они еще больше будут нагревать всю конструкцию.

Конечно, разницу можно создавать не только между капсулой и внешней средой, но и между капсулой и неким модулем внутри. Образно говоря чтобы отвести лишнее тепло из кабины можно создавать разницу потенциалов как между кабиной и внешней средой, 'выводя' это тепло наружу (еще больше нагревая - так делают обычные холодильники), а можно нагревать небольшую массу внутри, создавая разность температур между кабиной и этой массой (если я правильно понимаю, сейчас космические аппараты именно так выводят излишки тепла - нагревают обычную решетку, которая эффективно излучает тепло в виде инфракрасного излучения).
Ну дальше можно много фантазировать