По идее, всё будет медленней, из-за переноса ДБ из памяти на диск. С политикой кэширования в H2 не знаком, поэтому непонятно, как всё будет выглядеть для конечного пользователя. Ну а выдача "деривативов", конечно, будет побыстрее. Хотя опять же, раньше брали из памяти, а теперь с диска.