Secondo me se vi serve un disco / partizione criptata solo per Windows conviene usare
DiskCryptor, che usa un formato diverso da TrueCrypt e ottimizzato per intere partizioni (TrueCrypt era ottimizzato per file).
Su linux ovviamente è meglio usare dm-crypt/LUKS (usabile sia per partizioni che per "file").
Se proprio vi serve usare TrueCrypt (sempre su linux), vi consiglio tc-play
https://wiki.archlinux.org/index.php/Tcplaysto infatti vedendo che anche con luks è possibile creare file contenitori tipo Truecrypt, mi ero perso questo passaggio, anche se bisogna fare tutto da terminale mi pare di capire