Или создай за место папки куда он качает линк на другой диск, или используй консольный клиент Geth плюс Mist, вот описание:
https://bitcointalk.org/index.php?topic=996518.msg18542313#msg18542313
https://bitcointalk.org/index.php?topic=996518.msg19065055#msg19065055
Еще можешь в Geth использовать ключ --light тогда он блокчейн вообще по минимуму качает и очень быстро синхронизируется, буквально несколько минут.