Это не смысл. Точнее - смысл не в этом.
Смысл в том, что если у нас был посчитан блок с 1000 транзакциями,
а потом нам захотелось к блоку добавить 1001-ую, то
1) не надо всё заново пересчитывать, а пересчитывается сравнительно немного (ну это и так понятно)
2) что-то там связанное с поиском транзакций (вот это мне самому непонятно, но я не старался понять)
Если судить из этой статьи
https://habrahabr.ru/post/320176/, то это дерево нужно
Дерево Меркла нужно на самом деле для того, чтобы иметь возможность создавать SPV nodes (Simplified Payment Verification). Такие ноды синхронизируют только заголовки блоков, без самих транзакций. В результате блокчейн занимает на порядок меньше места (для красоты возьмем высоту в 500.000 блоков, размер header фиксирован 80 байт):
500.000 * 80 / 1024 / 1024 ≈ 40 Мб
Такой блокчейн уже можно без проблем уместить на телефоне, планшете или каком-нибудь IoT. Что в перспективе должно дать большую децентрализацию, безопасность сети и так далее.