так там и база хранится и если ее удалить, то пропадут темные байты, как быть с ними в таком случае?

Обновил до 1.9.2, ошибка исправлена. Конфиги не удалял. blackbytes остались.

Не забудьте потом сделать полное резервное копирование.

тоже обновился, но ничего нового визуально не заметил. Ждем 2.0 . Может там будет что-то функционально новое.

как думаете разработчик сделает в новых релизах так чтобы черные байты можно было бекапить?

Блекбайты бекапятся через полный бекап кошелька. На первой странице темы прочитайте несколько первых постов.