Tenta executar duas instancias do Cgminer, um em cada pasta e em cada um bota pra rodar só as GPUs que quer...
Acabei de conseguir com a versao 13.1... agora as 6 estao funcionando.
Entao p/ quem quiser colocar 6 GPUs em Windows e acabar com o mito de 4 GPUs, a conf é:
Win7 + Catalst 13.1