Это связано со сроками вывода долларов (как вариант, рублей) с бирж. Я сам ими не пользуюсь, но, насколько мне известно, вывод долларов, например, с mtgox может занять месяц, поэтому, условно говоря, доллар там стоит дешевле (соответственно, курс биткоина будет выше), чем на других биржах, где вывод осуществляется оперативнее...
Иногда на btce курс выше чем mtgox, сегодня не однократно было, так что теперь эта зависимость не всегда работает.
Если бы был возможен мгновенный вывод средств, то арбитражёры достаточно быстро выровняли бы курсы. Иначе можно было бы на одной бирже купить биткоины дешевле и тут же продать их на другой (что на нормальных биржах через короткие позиции делается)...