Можно без помощи bitcoind создавать и подписывать транзакции, тогда не придётся хранить в нём тысячи ключей.
Для этого требуется сделать свою имплементацию протокола bitcoin, Вы готовы поучаствовать в этой работе?
Не требуется, есть готовые велосипеды. Зачем вам своя имплементация, когда надо всего лишь создавать и подписывать транзакции? Создаёте, подписываете, отправляете полной ноде - profit.