Во первых LN, это и есть участие третьей стороны. Во вторых, LN никакого отношения не имеет к бирже, если попытаться на основе LN построить биржу, то получится намного хуже чем waves dex. В третьих, как вы собираетесь хранить монеты одного блокчейна в другом блокчейне без участия третьей стороны? Это невозможно исходя из условия задачи. Другое дело, что можно попытаться распределить хранение активов между разными гарантами, но это очень сложно с точки зрения безопасности и доверия.
Ну и каша у вас в голове. LN имеет открытый исходный код. Средства хранятся на контракте, использующем скриптовый язык битка. У третьей стороны нет возможности увести средства, если в LN будут внедрены все запланированные фичи. Через LN биржа может быть построена на атомарных свопах, когда обмен производится при задействовании блокчейнов монет напрямую. Проблема возникает только при хранении заявок, непонятно как реализовать децентрализованный ордербук.
Биржу нет и смысла делать, а вот обменник на атомарных свопах, типа changelly, который будет менять с кошелька на кошелек, по биржевым ценам, вот это будем бомба. И никакие биржи не нужны.