Falo da API Getbalance mesmo, usando o mesmo Wallet.dat
a solução de contorno seria ter um wallet.dat para cada conta BTC e ai carregar o Bitcoind passando como parâmetro o Wallet da conta correspondente ?
Até onde sei a versão oficial não permite fazer multiplas wallets, nem informar um outro arquivo na linha de comando.
Existe uma versão alternativa no git que faz isso, mas a quatro meses não havia previsão de entrar no core.
Realmente não sei como poderia ser feito.
O recurso "account" no RPC serve apenas para agrupar recebimentos, mas não serve para ver saldos.