Где у geth(go-ethereum), в Linux, должен быть основной конфигурационный файл?

Где вам надо чтобы он лежал, там и указывайте в параметре --config

Ну и как там правильно указать datadir (это название опции)?

--datadir

Вообще, geth --help выдаёт полный список параметров с описанием, ещё тут можно глянуть.