Para usar una parte del contenido de un paper wallet, vas a tener que importar o barrer la clave privada sobre una wallet que lo permita, y desde allí realizar el gasto.

Ver:
https://bitcointalk.org/index.php?topic=3218688.msg33498259#msg33498259
https://99bitcoins.com/bitcoin-wallet/paper/private-key-sweep-import/

La dirección original de la Paper Wallet no va a recibir el cambio, efectivamente, sino una dirección de tu wallet donde has realizado el proceso de importación o barrido (son distintos procesos, según se puede observar en los enlaces anteriores). A partir de ahí, o bien creas una nueva paper wallet y le envías los fondos restantes, o (supongo) puedes ver si tu wallet te deja ver la clave privada de la clave pública que alberga el cambio, y derivar una wallet a partir de ésta.

Ten en cuenta que la compartición de una clave privada entre papel y una wallet tiene su riesgo, dado que ambas tienen acceso a los fondos (ej/ si la wallet de uso y la paper wallet comparten la clave privada tras un proceso de importación o exportación, ambas dan acceso a tus fondos).