Mas isso não tem haver com a Microsoft.
Provavelmente a build anterior tinha o registo do certificado, e provavelmente a build não tinha saído com o certificado. Logo o sistema dá o alerta, dispara porque podia ser um ficheiro falso a tentar imitar o original.
Fez o que era pretendido.
Claro que tem, o cara tá usando Windows.

Minha critica à Microsoft foi que eles cobram caro no certificado, muita gente começa agora e não consegue pagar. Foi algo a parte, não disse que essa mensagem apareceu por erro deles.