срам такому кошельку, у которого это СИД не запечатон наглухо в SE, после того как он был сгенерирован и забэкапен пользователем.

Что значит "запечатан наглухо"? Его нельзя оттуда извлечь?

Ну вы сами ответили на свой же вопрос.

А как тогда происходит взаимодействие с пассфразой?

Все криптографические операции должны проводиться в SE. Извлекаться от туда может только то, что не несёт вреда хранимым средствам, например адреса.